이들이 문제 삼고 나선 기독교 관련 시설은 서울대 관악캠퍼스 내 천문대 근처 2층 기독교수협의회 회관으로 이 공간은 2001년 기독교수협의회에 배정된 이래, 교수와 교직원들의 예배와 기도, 교육을 위한 장소로 사용되고 있다.
연구원은 진정서에서 “헌법에 종교에 대한 국가의 중립이 엄연히 명시돼 있는데 국립학교인 서울대가 종교 시설을 설치하고 전기수도요금 등을 지원하는 것은 국립대 설립 정신에 어긋난다”며 시설 철거를 주장했다. 사무국장 손상훈 씨는 “학교 차원에서 철거가 이뤄지지 않는다면 상급기관인 교육부에 다시 진정서를 제출할 예정이며, 그래도 시정되지 않는다면 법적 소송을 내겠다”고 말했다.
이에 대해 서울대는 “2001년 당시 교내 공간을 최대한 효율적으로 사용하기 위해 현재 기독교수협의회 회관을 사용할 학내 단체들을 공개 모집한 뒤 심사를 거쳐 기독교수협의회에 배정했다”고 밝혔으며 “충분한 검토 뒤에 처리 방침을 결정하겠다”고 전했다.
종교정책자유연구원은 인권의 관점에서의 종교 자유를 보호를 목적으로 지난 2004년 만들어진 단체로, 약 50여 명의 법조인, 교수, 시민사회계 인사들로 구성돼 있다. 기독교 인사로는 권진관 교수(성공회대), 김경재 교수(前 한신대 교수), 류상태 씨(前 대광고 교목실장) 등이 활동하고 있다. 이 단체는 최근 고속도로 주변에 설치된 기독교 기업의 옥외광고물이 선교적 문구로 인해 종교의 자유를 침해한다며 지방자치단체에 민원을 제기하기도 했다.
