현재 교단장협의회의 이같은 움직임에 대해 양대기구는 특별한 움직임을 보이지 않고 있다. 친목단체의 성격을 벗어나지 못하고 있는 교단장협의회이고 양대기구 통합에 대한 구체적인 윤곽이 드러나지 않은 상황에서 이에 대한 평가가 불가능하다는 입장이다. 그러나 주목할 점은 한 기관에도 사견임을 밝히며 말하는 입장이 달라 혼선이 우려된다.
교단과 연합기구 내의 여론분산과 관련, 특히 통합측의 경우, 한기총 김기수 대표회장이 회장직을 1년 더 연임할 수 있는데다 KNCC 백도웅 총무의 임기가 최소 4년에서 8년 동안 보장돼 있어 교단 내에서도 인사들의 의견이 엇갈려, 쉽게 결단을 내리지 못하고 있다.
연합기구는 여론 분산에 따른 내부 혼선도 배제할 수 없는 상황이다. 한기총의 경우, 급격한 양기구 통합에 대한 주요 인사들의 의사를 묻자 '과격한 연합'이라는 비판에서 '다만 통합 방안을 제안했을 뿐'이라는 주장까지 입장이 모두 동일하지 않았다. KNCC도 비슷한 현상을 보였다.
교단과 연합기구 내 의견 불일치는 연합기구의 거대한 여론압박이 약화된다는 점에서 헤쳐모여식의 통합기구 창설에 오히려 도움이 될 수 있을 것이다. 그러나 교단장협의회가 추진하고 있는 급격한 물리적 연합을 시도할 경우 한국교회의 구데타로 역사에 남아질 가능성도 높다.